Когда ты заливаешь игры через гейм менеджер, на флешке автоматически создаётся файл с сейвкой.
Проверь следующее:
1) Заливать игры надо менеджером прямо на флешку, а не сначала на винт. Так менеджер создаст на флешке сейвы.
2) В настройках M3 должна быть включена опция "Autosave".
3) Если п. 2 соблюдён, то после включения ДСа (если ты до этого играл) должна появляться надпись, говорящая, что игра либо сохраняется на флешку, либо о том, что сохраниться по какой-то причине нельзя.