Сюжет ты понял совсем приблизительно, точнее будет сказать, совсем не понял.
Снейка действительно забрасывают на базу на Аляске, которую захватили террористы, спецподразделение FOXHOUND, чьи участники наделены сверхспособностями, боевую поддержку им оказывают GENE-soldiers. В течение некоторого времени террористы обещают запустить ядерные ракеты, если им не будет выплачен выкуп (какая-то астрономическая сумма денег) и не будут выданы генетические останки величайшего воина всех времен и народов BIG BOSSа. Более того, в заложниках у террористов оказалась племянница руководителя операции по освобождению базы - полковника Кэмпбелла,- Мэрилл.
Снейк должен выяснить могут или нет террористы запустить ядерные ракеты, и спасти шефа службы перспективных армейских разработок DARPA CHIEF и президента компании ARMS TECH.
По ходу игры выясняется, что на остров помимо Снейка проник еще один нарушитель, уже уничтоживший нескольких солдат.
Снейку удается обнаружить обоих высокопоставленных заложников, но оба они загодочным образом погибают при контакте со Снейком, причем показания их прямопротивоположны друг другу, один утверждает, что выдал коды запуска ядерных ракет телепату Психо Мантису, а другой, что эти коды невозможно выяснить прочтением чужих мыслей. Но самое главное, что на базе разрабатывается секретное оружие METAL GEAR REX, огромный бронированный танк, способный запускать ядерные ракеты незаметно для спутников с любой поверхности и нетребующий никакой боевой поддержки.
Чтобы не вникать во все мелочи сюжета, перейду к его основе, подразделением FOXHOUND руководит генетический брат Снейка, - LIQUID SNAKE, и с самого начала он знает о том, что на остров прищлют именно Снейка, поэтому от начала и до конца, все операция, - это подстава, Снейку дают дайти до бункера, где находится РЕКС, чтобы он сам нашел ключи деактивации ядерного удара, вся фишка в том, что эти ключи не только деактивируют запуск ядерного оружия, но и активируют его, именно это и делает Снейк, думая, что система функционирует, он вводит коды и сам включает ее, т.е. делает то, чего добивался его брат. Стоит упомянуть, что первый заложник, - DARPA шеф, сказавший, что он выдал коды запуска террористам, это член FOXHOUND, - DECOY OCTOPUS,- мастер масскировки, поскольку настоящий заложник погиб под пытками, так и не выдав кодов террористам, отсюда и родилась схема использованияв своих планах Снейка, более того, один из помощников Снейка - MASTER MILLER, - также террорист, - это и есть LIQUID SNAKE, давая рекоммендации по радио он помогает обходить свои же ловушки.
Неизвестный наршитель, - кибер-ниндзя, - это бывший сослуживец Снейка, - GREY FOX.
Вашингтон, со своей стороны, знавшей о разработке секретного оружия на острове, также подставляет Снейка, перед операцией доктор NAOMI (к слову, сестра GREY FOX) делает Снейку укол нано-машинами, которые поддерживают его организм и способствуют быстрому заживлению, на деле, это опасный вирус FOXDIE, который запрограммирован убить всех свидетелей проишествия, заложников, терроористов и Снейка, чтобы министерство обороны по-тихому эвакуировало РЕКСа и все результаты его испытаний. Вирус убивает всех, кроме Снейка (милосердие Наоми), и Револьвера Оселота, который с самого начала был двойным агентом и выкрал все планы РЕКСа для Патриотов и Президента США.