Между PCIE 3.0 и 2.0 разница в два раза по пропускной способности, и для 3.0 нужен процессор поддерживающий этот стандарт.
А вот в тестах разница уже другая, максимальный прирост 2-3 процента, если все совпадет как надо и если видюха уровня hd7970.
На этот момент в PCIE 3.0 смысла нет, для не топовой видеокарты хватает даже PCIE 2.0 x8, так что можешь смело брать две штуки если мать у тебя поддерживает x8/x8.
Другое дело что я советую ставить одну видюху но мощную, нежели 2 слабых, играть на 2х менее комфортно, присутствуют зависания, увеличиный расход энергии и повышенный шум, суть в том, в кратце, что если у тебя одна видюха не может выдать 30 FPS в игре, то две будут давать микрозависания, плюс не всегда выходять драйвера сразу под 2 видеокарты, собственно у меня было, отказался, одночиповая картна на этот момент развития предпочтительнее